На слизистой оболочке встречаются различной величины кровоизлияния. Когда смерть наступает не в первые часы и сутки, а несколько позднее, то наблюдаются некроз и десквамация эпителия ворсинок. В результате этого поверхность слизистой тонкого кишечника приобретает вид как бы посыпанной отрубями или мукой. Наблюдается набухание солитарных фолликулов и пейеровых бляшек с ободком гиперемии вокруг. Слизистая толстого кишечника в верхнем отделе иногда также гиперемирована, немного набухшая, но не сплошь, а участками. Печень макроскопически обычно мало изменена. Желчный пузырь содержит густую тягучую желчь, из которой легко высевается холерный вибрион. Селезенка уменьшена, дрябловата, капсула ее морщиниста. Почки несколько увеличены в объеме, постоянно резко гиперемированы, кора их набухшая. Костный мозг трубчатых костей у погибших в альгидном периоде темно-красного цвета, с кирпичным оттенком. Мягкая мозговая оболочка отечная, иногда с мелкими подоболочечными кровоизлияниями. При микроскопическом исследовании ткани мозга обнаруживаются дистрофические изменения в нервных клетках.