Смертельный исход в тяжелых случаях болезни чаще наступает в лихорадочном периоде (между 3-7-м днями) и бывает обусловлен интоксикацией, кровопотерей или осложнениями, связанными с присоединившейся инфекцией. Патогенез крымской геморрагической лихорадки не вполне ясен. Считают, что в возникновении основного клинического синдрома – геморрагического диатеза – ведущая роль принадлежит циркуляторным нарушениям, обусловливающим повышение проницаемости сосудистых стенок. В возникновении кровоизлияний имеют значение также тромбоцитопения и снижение содержания в крови протромбина. Невыясненным остается патогенез поражения мелких кровеносных сосудов. Патологоанатомические изменения, обнаруживаемые у умерших от крымской геморрагической лихорадки при вскрытии и микроскопическом исследовании органов, не являются специфическими. Они представляют черты сходства с заболеваниями и интоксикациями, сопровождающимися геморрагическим синдромом (в том числе болезнями Верльгофа, Шенлейн – Геноха, гемофилией, скорбутом и острой лучевой болезнью) и прежде всего с другими геморрагическими лихорадками. Наиболее типичны в патологоанатомической картине для данного заболевания обширные кровоизлияния в просвет желудка и кишечника, в сочетании с геморрагической сыпью на коже и кровоизлияниями в легких.